מכבי נתניה היא אחת מקבוצות הכדורגל הוותיקות בישראל. הקבוצה הוקמה בשנת 1934, ושיחקה יותר מ-40 עונות בליגת העל בישראל.
הקבוצה משחקת באצטדיון הקופסא שבנתניה, המסוגל להכיל כ-7,500 צופים. כעת נמצא בתהליכי הקמה אצטדיון שמסוגל להכיל כ-12,000 צופים בשלבו הראשוני וכ-24,000 צופים בסופו.
בין שחקניה הבולטים של ממכבי נתניה נמנים: מרדכי שפיגלר (שהוכתר ככדורגלן היובל של ישראל), עודד מכנס, גד מכנס, דוד לביא, חיים בר, שרגא בר, אלברט גזל, משה גריאני, יצחק ויסוקר, דוד פיזנטי, פודי חלפון, דני עציוני, יגאל מנחם, בני לם ושלמה שירזי.
בתחילת דרכה היו המדים של מכבי נתניה פסים בצבעים ירוק ולבן אך לאחר תקופה מסוימת, בשנת 1975, הוחלפו מדי הקבוצה לצבעים צהוב ושחור.
מאמנים קודמים ידועים בקבוצה היו דוד שווייצר, שמוליק פרלמן, יעקב גרונדמן, גילי לנדאו, אורי מלמליאן וראובן עטר.
בשנות ה-70 ושנות ה-80 נחשבה נתניה לקבוצת צמרת, דבר שהתבטא במספר הרב של האליפויות שזכתה בהן בשנים אלה, וכן זכתה בדאבל בעונת 1977/78, והביטוי שנטבע אז על ידי מרדכי שפיגלר, מאמן הקבוצה: "נתניה ועוד 15". באמצע שנות ה-80 החלה הקבוצה להידרדר בהדרגה ולאבד את עוצמתה. באותה תקופה גם ירדה לליגה הארצית (שהייתה אז השנייה בחשיבותה, אחרי הליגה הלאומית שהייתה הבכירה). בשנות ה-90 בילתה הקבוצה את רוב זמנה בליגה הארצית וכאשר עלתה לליגה הלאומית, היא הייתה קבוצת תחתית שנאבקה כנגד הירידה. כאשר נוצרה ליגת העל, המשיכה נתניה להתנדנד בינה לבין הליגה הלאומית.
בשנת 2003 השתתפה מכבי נתניה בסיבוב הראשון של האינטרטוטו בשני משחקים נגד קבוצת פרטיזן טירנה אך הפסידה במשחק החוץ 2-0, ואף על פי שניצחה בבית 1-3 לא עלתה לשלב הבא בגלל עדיפות שערי חוץ לטירנה.
מכבי נתניה ירדה לליגה הלאומית בעונת 2003/04 לאחר עונה קשה אך חזרה והעפילה שוב לליגת העל אחרי עונה אחת בלבד ושיחקה בעונת 2005/06 בליגת העל תחת הדרכתו של ראובן עטר.
בסוף עונת 2005/2006, לאחר משא ומתן מתמשך, קנה את הקבוצה איש העסקים הגרמני-יהודי דניאל יאמר. מיד לאחר קניית הקבוצה מינה את אייל ברקוביץ' למנג'ר הקבוצה ובעקבות כך התפטר ראובן עטר מאימון הקבוצה. תחת ברקוביץ' החתימה הקבוצה את לירן שטראובר, אבישי ז'אנו, אדריאן פיטו, אופיר חיים, אבי סטרול, מזואה אנסומבו, איתי שכטר, אורי אוזן, ערן לוי, דודי פדלון, ואייזיק אבודו.
ב-25 ביולי, 2006, הגיע ויכוח בין יאמר לבין אייל ברקוביץ' לטונים רמים וכתוצאה מכך פוטר ברקוביץ' ממשרתו כמנג'ר מכבי נתניה. לאחר פיטורו של ברקוביץ' הוחתמו בקבוצה דדי בן דיין, אורן זיתוני, שי בירוק, לואיס מרין וג'ף טוטואנה. גוטמן, בלדב וגניש קיבלו עליהם את הסמכויות שהיו של ברקוביץ'.
ב-22 באוגוסט, 2006, כ-4 ימים לפני פתיחת עונת 2006/2007, שוחרר שחקן הבית אסי וסיהון מאחר שלא היה בתוכניות של המאמן אלי גוטמן לעונה הקרובה, וב-24 באוגוסט, 2006, כיומיים לפני פתיחת העונה, שוחרר ניר ברקוביץ' .